Después de la reconquista española, que duró desde finales del siglo VIII hasta finales del siglo XV, un fuerte sentido de nacionalismo cristiano español tuvo muchos efectos. Principalmente, en 1492, los musulmanes y judíos de España fueron obligados a convertirse al cristianismo o ser expulsados del país, como resultado del decreto de la Alhambra. Esto creó una España mayormente católica. Un año después, en el documento Inter Caetara, el Papa Alejandro VI le dio a los Reyes Católicos, Isabel y Fernando, el derecho sobre todas las tierras recién descubiertas al oeste de una línea específica en el Atlántico, siempre que no estuvieran bajo control de otro rey cristiano. Esto hizo que su misión de dominar el "Nuevo Mundo" se viera como una misión divina. Ahora, los españoles tenían una razón religiosa para colonizar las tierras que Cristóbal Colón había alcanzado en 1492.
El nacionalismo cristiano de la época estuvo fuertemente marcado por los intereses políticos de los Reyes Católicos. Isabel y Fernando no solo querían unir los reinos de España bajo una sola corona, sino que también buscaban asegurar su poder y controlar la economía y la política del país. La religión se convirtió, entonces, en una herramienta que les ayudaba a consolidar su autoridad y a dar sentido a sus decisiones, tanto dentro de España como en las tierras que estaban conquistando. 
Varias culturas fueron atacadas por este nacionalismo cristiano convertido en arma que se expandió desde España. Otro documento importante de esa época fue el Requerimiento. Este texto era un ultimátum que debía ser leído a cada civilización, ofreciendo dos opciones: convertirse al cristianismo o ser conquistados por la fuerza, enfrentando consecuencias como guerra, esclavitud y muerte. Muchas veces, este texto ni siquiera se leía antes de atacar, y solo servía para justificar los actos de violencia.
La destrucción causada por la conquista se enfocó especialmente en objetos religiosos y culturales importantes. Por ejemplo, durante la conquista de Hernán Cortés en el imperio azteca, se ordenó quemar los códices y construir iglesias sobre templos sagrados como el Templo Mayor. Esta misma lógica de "purificar" la tierra de personas no cristianas, usada antes contra musulmanes y judíos en España, ahora se aplicaba a los pueblos indígenas de América, presentando la conquista no como violencia, sino como una forma de salvación. 
La idea de imponer religiones por la fuerza sugiere que las demás existentes eran inferiores en comparación con el cristianismo. Esto no implica necesariamente que el propósito de difundir la religión fuera inherentemente malicioso. Sin embargo, en el caso de la conquista española, la religión se utilizó más como una herramienta de control que como una expresión genuina de fe. Al presentar las creencias indígenas como malvadas o inferiores, los españoles pudieron justificar la explotación, las conversiones forzadas y la destrucción de civilizaciones enteras. El mensaje de salvación fue así distorsionado por la codicia, convirtiendo lo que pudo haber sido un evangelismo pacífico en una dominación cultural y espiritual.
Un ejemplo de esto se encuentra en el reconocimiento de la injusticia por parte de Bartolomé de las Casas. En su obra Brevísima relación de la destrucción de las Indias, De las Casas detalla la esclavitud, las masacres y el exterminio sistemático de los pueblos indígenas. Mientras algunos frailes interpretaron la expansión del cristianismo como una amenaza mortal, otros, como De las Casas, no apoyaban la evangelización por medio de la espada.
También los jesuitas fueron una fuerza para el bien. Algunos jesuitas establecieron misiones en el Río de la Plata que armaron al pueblo guaraní y los protegieron de incursiones que esclavizaban a miembros de su comunidad. De manera similar, hubo figuras como Fraile Toribio de Benavente, quien documentó las culturas de los pueblos indígenas en México. Aunque convirtió a estas poblaciones indígenas, no destruyó su historia. Además, De Benavente fue crítico del abuso y la esclavitud de estas poblaciones indígenas, y luchó por minimizarlo.
Como sugiere la evidencia, el rol de la religión depende de quienes la ejercen. La religión en sí misma no es la causa inherente de la destrucción que sufrieron los pueblos indígenas del Nuevo Mundo. En cambio, la causa fue la justificación de medidas brutales bajo el pretexto de convertirlos a una religión “superior”.